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Predicting sRNAs and Their Targets in Bacteria

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成果类型:
期刊论文
作者:
Wuju Li;Xiaomin Ying;Qixuan Lu;Linxi Chen
通讯作者:
Wuju Li
作者机构:
[Wuju Li; Xiaomin Ying] Beijing Institute of Basic Medical Sciences, Beijing 100850, China
[Linxi Chen] Institute of Pharmacy and Pharmacology, University of South China, Hengyang 421001, China
[Qixuan Lu] Beijing Institute of Basic Medical Sciences, Beijing 100850, China<&wdkj&>Institute of Pharmacy and Pharmacology, University of South China, Hengyang 421001, China
通讯机构:
[Li, W.] B
Beijing Institute of Basic Medical Sciences, Beijing 100850, China
语种:
英文
关键词:
Bacterial;sRNA;Target;Bioinformatics;Prediction
关键词(中文):
小RNA;细菌;调控基因表达;生物信息学;小分子RNA;蛋白质结合;目标基因;生物过程
期刊:
基因组蛋白质组与生物信息学报
ISSN:
1672-0229
年:
2012
卷:
10
期:
5
页码:
276-284
基金类别:
This work was supported by grants from National Key Basic Research and Development Program (Grant No. 2010CB912801 ), and National Natural Science Foundation of China (Grant No. 31071157 and 31271404 ).
机构署名:
本校为第一机构
院系归属:
药学与生物科学学院
摘要:
Bacterial small RNAs (sRNAs) are an emerging class of regulatory RNAs of about 40–500 nucleotides in length and, by binding to their target mRNAs or proteins, get involved in many biological processes such as sensing environmental changes and regulating gene expression. Thus, identification of bacterial sRNAs and their targets has become an important part of sRNA biology. Current strategies for discovery of sRNAs and their targets usually involve bioinformatics prediction followed by experimental validation, emphasizing a key role for bioinfor...
摘要(中文):
细菌的小 RNA (sRNAs ) 是在长度的大约 40500 核苷酸的规章的 RNA 的一个新兴的类并且由到他们的目标 mRNAs 或蛋白质的绑定,涉及象察觉到环境变化并且调整基因表示那样的许多生物进程。因此,细菌的 sRNAs 的鉴定和他们的目标成为了 sRNA 生物学的重要部分。为 sRNAs 和他们的目标的发现的当前的策略通常包含试验性的确认跟随的生物信息学预言,强调为生物信息学预言的一个关键角色。因此,这里,我们在预言方法上提供了概述,集中于模型的每个班的优点和限制。最后,我们将介绍我们想在在未来开发相关生物信息学模型上。

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