一种利用土著功能微生物群落原位修复铀污染地下水的方法,其特征在于,利用土著功能微生物群落将地下水中可溶性的六价铀转化为稳定的、溶解度很低的四价铀,从而原位修复铀污染地下水,具体步骤是:(1)调节铀污染地下水的pH值通过酸碱体系或者Na2CO3和NaHCO3的缓冲溶液体系调节铀污染地下水的pH值至6.5?7.5的范围;(2)活化沉积物中的土著功能微生物群落在维持试验系统无氧的条件下,通过添加碳源作为电子供体,促进铀污染地下水沉积物中土著功能微生物的活化、生长;(3)调控和加速土著功能微生物群落的演化采用添加不同碳源和调节铀污染地下水的氧化还原电位方法,调控和加速其中土著功能微生物菌群的演化,从而缩短原位修复的周期;(4)持续调控土著功能微生物群落在维持反应系统无氧的条件下,对功能微生物群落进行持续调控,直至铀污染地下水中的铀浓度降至国家排放标准0.05?mg/L以下。